Pada saat Peraturan Kepala Badan Pertanahan Nasional Republik Indonesia No. 5 Tahun 2012 mulai berlaku, maka Peraturan Kepala Badan Pertanahan Nasional Republik Indonesia ini sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Presiden Nomor 65 Tahun 2006 tentang Perubahan Atas Peraturan Presiden Nomor 36 Tahun 2005 tentang Pengadaan Tanah Bagi Pelaksanaan Pembangunan Untuk Kepentingan Umum dicabut dan dinyatakan tidak berlaku, kecuali untuk proses pengadaan tanah sebagaimana dimaksud dalam Pasal 55.